Als Aufsteiger Meister

Trotz des Abstiegs blieb die Mannschaft im Kern zusammen. Das Präsidium um Norbert Thines trat allerdings zurück, und der FCK bekam einen neuen Aufsichtsrat, u.a. mit Jürgen Friedrich, der bereits zweimal Präsident des Vereins gewesen war, Robert Wieschemann und Ex-Trainer Karl-Heinz Feldkamp. Als neuer Präsident wurde später Hubert Keßler bestimmt. Sportlicher Leiter wurde Hans-Peter Briegel, der aufReiner Geye folgte. Zwei Wochen vor Saisonstart wurde schließlich Trainer Eckhard Krautzun von Otto Rehhagel abgelöst. Im Europapokal der Pokalsieger erfolgte bereits in der ersten Runde gegen Roter Stern Belgrad das Aus. Nach einem 1:0 im Hinspiel gewann der jugoslawische Vertreter das Rückspiel mit 4:0 nach Verlängerung. Auch im DFB-Pokal schied man in der ersten Runde aus. Regionalligist SpVgg Greuther Fürth besiegte die Pfälzer mit 1:0 Toren. In der Liga gelang jedoch mit nur vier Saisonniederlagen letztlich souverän der sofortige Wiederaufstieg als Zweitligameister; das 7:6 gegen den SV Meppen am letzten Spieltag stellt das bis heute torreichste Spiel der 2. Bundesliga dar.

Ein Jahr später folgte der sensationelle Gewinn der vierten Deutschen Meisterschaft. Der Titelgewinn als Aufsteiger 1998 stellte ein Novum in der Geschichte des deutschen Fußballs dar, was mit der zweiten Wahl zur Mannschaft des Jahres nach 1991 belohnt wurde. Bereits am ersten Spieltag wurde der FC Bayern München auswärts besiegt, der den gesamten Saisonverlauf über den Lauterern im Meisterschaftskampf „hinterherhinken“ sollte. Ab dem vierten Spieltag wurde die Tabellenführung nicht mehr aus der Hand gegeben. Genau wie in der Vorsaison wurden nur vier Spiele verloren.

1998/99 erreichte der FCK in der Champions League das Viertelfinale und belegte in der Bundesliga den fünften Platz, nachdem man eine Teilnahme an der Qualifikation zur Champions League durch eine 1:5-Niederlage im letzten Spiel gegen Eintracht Frankfurt verspielt hatte. Mit namhaften Neuzugängen wie Youri Djorkaeff und Mario Basler erreichte der FCK am Ende der Saison 1999/2000 das vorgegebene Ziel, auch in der nächsten Saison international zu spielen, mit einem erneuten fünften Platz, auch wenn sechs Heimniederlagen und mannschaftsinterne Streitigkeiten einen bitteren Beigeschmack hinterließen. Im UEFA-Pokal schied man in der dritten Runde aus. In der Spielzeit 2000/01 trat Otto Rehhagel nach einem misslungenen Saisonstart mit nur sechs Punkten aus sechs Spielen zurück.