Absturz in die untere Tabellenhälfte und erneuter Abstieg (2000–2006)

Am Ende der Ära Rehhagel und danach geriet der FCK sowohl sportlich als auch finanziell in Schwierigkeiten. Letztere rührten daher, dass in den Folgejahren Spieler mit internationaler Erfahrung wie Taribo West, Steffen Freund, Christian Nerlinger, Carsten Jancker und Stefan Malz geholt wurden, die sich jedoch alle als Fehleinkäufe erwiesen.

Unter Rehhagels Nachfolger Andreas Brehme war der sportliche Erfolg noch kurzfristig wieder vorhanden. So stand der FCK Ende März 2001 im UEFA-Pokal-Halbfinale gegen Deportivo Alavés, sowie auf Platz 3 der Bundesligatabelle. Von diesem Zeitpunkt an erfolgte ein totaler sportlicher Einbruch, der wenig später durch den bekannt gewordenen Finanzskandal um die Führungsriege der FCK-Verantwortlichen flankiert wurde. Der FCK schied chancenlos aus dem UEFA-Pokal-Wettbewerb aus, schloss nach einem katastrophalen Saisonfinale die Spielrunde lediglich auf Platz 8 ab und verpasste den Einzug in den UEFA-Pokal-Wettbewerb. Zum Auftakt der Saison 2001/02 gewann der FCK die ersten sieben Spiele hintereinander und stellte damit den Rekord des FC Bayern München ein, belegte jedoch am Saisonende nur einen enttäuschenden 7. Platz.

In der Saison 2002/03 schien der Verein praktisch abgestiegen und kurz vor der Insolvenz, doch Brehmes Nachfolger Eric Gerets brachte den Verein sportlich wieder in die Spur und sicherte mit einer sensationellen Rückrunde den Klassenerhalt. Einen weiteren Erfolg gab es noch im Jahre 2003, als der FCK erneut das DFB-Pokalfinale erreichte, in dem er allerdings gegen den FC Bayern München mit 1:3 unterlag. In finanzieller Hinsicht konnte der Verein mit Hilfe des Vorstandsvorsitzenden René C. Jäggi weitgehend saniert werden, jedoch mit starker Beteiligung des Landes Rheinland-Pfalz sowie dem Verkauf des vereinseigenen Stadions. In der Saison 2003/04 geriet der 1. FC Kaiserslautern erneut in Abstiegsnöte.

Gerets musste seinen Stuhl für Kurt Jara räumen, der wiederum den Klassenerhalt schaffte. Nach einer soliden Saison 2004/05, die jedoch mit der Entlassung des bei den Fans ungeliebten Kurt Jara mit dem 12. Tabellenplatz zu Ende ging, setzte der FCK für die Saison 2005/06 auf den als Cheftrainer unerfahrenen Michael Henke. Bereits wenig später musste dieser wegen mangelnden Erfolges dem ehemaligen FCK-Spieler Wolfgang Wolf als Trainer weichen. Doch auch Wolf konnte den Abstieg nicht verhindern, sodass der FCK in der Saison 2005/06 zum zweiten Mal in seiner Vereinsgeschichte nach 1996 aus der Bundesliga abstieg. Am letzten Spieltag der Saison 2005/2006 am 13. Mai 2006 reichte ein 2:2-Remis gegen den direkten Konkurrenten VfL Wolfsburgnicht, um die Klasse zu erhalten.